Mula era en ésta época una de las zonas más fértiles del Reino de Murcia. Cuando llega Alonso Yáñez Fajardo como adelantado de la monarquía con poderes amplios, convierte a Mula en un Señorío Territorial. Esto no gusta nada a los caciques que vieron amenazado su poder, y como consecuencia comienzan las luchas por las tierras y el dinero, donde se aprovechan de los pobres y donde los perdedores eran condenados a galeras.
La jurisdicción pertenece al Ayuntamiento, pero no el territorio por lo que en nombre del Rey se vende parte de su territorio de Mula, como Campos, Albudeite y La Puebla para poner gente de la confianza de Los Fajardo.
Además de Mula se compraron otros sitios estratégicos, como Alhama y Cartagena. Precisamente Cartagena, al ser uno de los puertos más importantes del Mediterráneo, la Reina Isabel se lo pidió a D. Alonso y a cambio ésta le cedió Vélez Blanco y Vélez Rubio y además, en agradecimiento, en 1507 nombran a D. Pedro Fajardo Primer Marqués De Los Vélez .
Cuando fue nombrado Marqués, Mula era el único pueblo importante que quedaba en la zona, que no pertenecía a La Orden De Santiago por lo que el Marqués le pidió a la Reina el Señorío de Mula. Al ser Mula un Municipio de Realengo desde que los Reyes Católicos se lo ganaron a los moros en el año 1430, los poderosos se negaban a perder sus privilegios a favor del Marqués; sin embargo, éste los convenció, jurando que no ejercería el cargo con plenos poderes y que los señores de Mula nombrarían a sus jefes y alcaldes.
Las relaciones de los muleños con los Fajardo nunca fueron buenas, pues aún antes de ser nombrado Marques ya elegía a la gente según su criterio y con la ayuda de sus subordinados ocupaba el Ayuntamiento y expulsó a los oligarcas que había.
En 1520 el Emperador Carlos I gana la guerra a los Movimientos Comuneros que en Murcia y Valencia no iban contra el Rey, pero sí quisieron echar a los Marqueses. Entonces les pusieron algunas condiciones, entre ellas que para entrar a Mula tenían que jurar ante la Biblia que nunca se meterían en los asuntos de Mula, ya que Mula era del Rey. En el mes de julio de 1520, en la puerta de Yéchar y ante Alonso Fernández Melgarejo se hizo este juramento. Sólo habían pasado cuatro años cuando D. Pedro marchó a la Corte y le dijo al Rey lo que los muleños le habían obligado a jurar y entonces el Rey anuló el juramento que había hecho a los muleños.
En 1524 el Castillo de Mula ya se había empezado y siempre se utilizó en contra de los muleños. Como los soldados que había en el Castillo eran mercenarios y mataban a los muleños, éstos para defenderse, pensaron construir una fortaleza en la Parroquia de San Miguel, pero el Rey se lo prohibió; es entonces cuando empieza el pleito de Mula que dura unos 400 años.
Debido a esto 200 muleños marchan a Pliego ante el Escribano Publico (una especie de Notario puesto por el Rey) y éste les otorga un poder para pleitear en La Chancillería de Granada, en Pleitos de Hidalguía se quejan de diez puntos que contiene el pleito, como por ejemplo el primero es que la Villa es de realengo y el Marqués no es su dueño. El primer fallo a favor de Mula llega en 1527 pero el Marqués apela el mismo pero a los tres años lo ratifican. Sin embargo, vuelve a apelar y es aquí cuando van al tribunal de las Mil quinientas doblas y será ya en 1556 cuando se consigue que fallen a su favor. En este fallo se dice que el Marqués no era dueño de las gentes, aunque sí del Municipio.
A pesar de todo, El Marqués nunca se conformó y a partir de ese momento cada vez viene menos por Mula.
D. Antonio Álvarez de Toledo, como 9º Marques de los Vélez llegó a Mula en 1.769 para tomar posesión de todas las tierras que poseía por esta zona. Fue tanto lo que les agradó al Marques y a su mujer esta Villa que decidieron que se les enterrara en un lugar muy emblemático del municipio, como era el Real Monasterio de La Encarnación, aunque esto no se pudo hacer porque la muerte de los Marqueses tuvo lugar en Madrid.
El marquesado de Los Vélez se pierde después de 100 años, pero el paso de todos los herederos de Los Fajardo en nuestra Ciudad no es muy positivo en cuanto al trato con los muleños. Sin embargo, los edificios que aún se conservan de los Marqueses, como El Castillo, el Palacio, la casa del recaudador de impuestos y el Palacio de Justicia, le dan a esta ciudad un aire señorial.
El Castillo de Los Vélez es una gran fortaleza construida con gran inteligencia y a la que era casi imposible acceder; su único fin era controlar a los muleños y someterlos a la tiranía del Marqués. Constaba de tres partes: la torre del homenaje, el bastión o parte alta y el aljibe. Todos los matacanes y almenas estaban dirigidas al pueblo, y los habitantes de esta fortaleza eran unos quince mercenarios que trabajaban al mando de un Alcaide. Las tres chimeneas de la fortaleza tienen un solo caño y una de ellas se encuentra en la habitación del Alcaide. El Castillo sólo tenía una entrada y en caso de ataque el acceso a la torre del homenaje era prácticamente imposible.
El escudo de Los Marqueses está representado hasta siete veces en los lugares más visibles del Castillo, así como los escudos de dos de las esposas del Marqués. Aún hoy se conservan dos lapidas, una con el nombre del tracista y la otra que dejaba constancia de que la fortaleza había sido visitada por Antonio Augusto Pío, para hacer creer que dicha fortaleza ya existía en época romana.
Otro edificio que recuerda el poderío de Los Fajardo es su Palacio, que, diseñado por un artista madrileño, recuerda las antiguas corralas madrileñas con un patio central y los balcones en la parte superior, la amplitud de las estancias con sus grandes balconadas y siempre presidido por el escudo Marquesal. Este escudo está compuesto por tres ortigas sobre piedras y olas, Éste edificio también tenia un gran jardín con una magnifica rosaleda.
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